Aparte de poner sobre la mesa numerosas cuestiones éticas, en las que no entraremos, la clonación presenta todavía muchas dificultades técnicas, que obstaculizan su uso generalizado.
Por ejemplo, para generar animales que puedan producir sustancias que reporten un gran interés farmacéutico.
Uno de estos problemas es la bajísima tasa de eficiencia de los procedimientos (que se acentúa en algunas especies particularmente difíciles, como los perros, que sólo muy recientemente han sido clonados). Para conseguir un solo embrión viable suele ser necesario realizar decenas o cientos de intentos y luego la mayoría de estos embriones no suelen llegar a término.
El éxito de la clonación depende de incontables factores, que suelen variar considerablemente de unas especies a otras. Como aún no se tiene un conocimiento científico de ellos, los investigadores avanzan a tientas, aplicando técnicas artesanales y recurriendo al sistema de prueba y error repetidamente (aunque recientemente un equipo surcoreano ha informado de avances espectaculares en la obtención de embriones clónicos humanos, que piensan usar para investigación en células madre).
Mucho más preocupantes que estos inconvenientes son los numerosos problemas de salud que suelen presentar los animales clónicos, y la alta tasa de individuos con malformaciones y defectos. Hasta el 90 por ciento de los animales muere antes del parto y la mitad de los que nacen no llega a la edad adulta. Esto es particularmente grave en el caso de los primates, que suelen morir a los pocos días del nacimiento, si no han perecido antes debido a malformaciones fetales de todo tipo.
Muchos animales clonados, como las vacas, presentan tamaños anormales y disfunciones metabólicas (por ejemplo, exceso de potasio en sangre). En el desarrollo de los embriones suelen presentarse problemas a la hora de dirigir la división celular y de replicar los cromosomas. La famosa oveja Dolly, el primer mamífero clonado, sufrió artrosis y tuvo que ser sacrificada antes de alcanzar la vejez porque presentaba infecciones respiratorias.
Estos problemas nos llevan a preguntarnos cuál es la edad real de los animales clonados. En teoría, la clonación consigue la reprogramación de las células adultas para retrotraerlas a los estados iniciales de su desarrollo. Es como dejar atrás todos los estragos que el tiempo ha ido produciendo en las células, para llevarlas, completamente rejuvenecidas, a la misma fuente de la vitalidad. Pero esta visión parece demasiado hermosa para ser cierta, y de hecho no lo es.
Aunque muchos indicadores bioquímicos sugieren que efectivamente se ha producido ese rejuvenecimiento, varios de los relojes celulares que marcan la edad no han sido puestos a cero (y esta falta de sincronización puede ser la fuente de muchos problemas). Es como si los animales nacieran ya en parte con la edad del individuo adulto que ha aportado la mayor parte de sus genes (los genes de sus mitocondrias, que proceden del citoplasma del óvulo que recibió el núcleo de la célula adulta, sí son jóvenes).
Uno de estos relojes moleculares es la longitud de los telómeros, los extremos de los cromosomas, que se acortan con cada división celular. Como los telómeros protegen a los cromosomas, cuando alcanzan una longitud mínima las células ya no pueden seguir replicándose y mueren. En las células germinales, los óvulos y los espermatozoides, está presente una enzima, la telomerasa, que reconstruye los extremos de los cromosomas hasta que adquieren la longitud inicial típica de cada especie. Como el individuo clonado no procede de células germinales, sino de células adultas en las que no actúa la telomerasa, la longitud de los telómeros en el inicio del desarrollo embrionario es la correspondiente a la edad de las células adultas. Aún se desconoce la influencia que tiene este hecho sobre la salud y la capacidad de supervivencia de los animales clonados.
Otro marcador molecular que no se revierte con la clonación es el patrón de metilación de las hebras de ADN. El radical metilo suele añadirse a muchas zonas del ADN para obstaculizar la expresión de los genes. Sobre todo se usa para silenciar regiones de ADN “parásito”, con una tendencia descontrolada a copiarse a sí mismas y a cambiar de lugar en el cromosoma. Con el tiempo, se van metilando unas zonas y desmetilando otras, en función del ADN que haya que expresar o silenciar, aunque en general suele aumentar el grado de metilación con la edad, con un ritmo variable (ésta es una de las razones por las que los gemelos homocigóticos se van pareciendo cada vez menos conforme pasa el tiempo).
El patrón de metilación del ADN de un embrión clónico corresponde al de la célula adulta progenitora. Por tanto, muchos genes pueden estar expresándose a niveles que no son los correctos, o pueden no expresarse algunos genes necesarios. Estas alteraciones parecen haberse relacionado con trastornos como la obesidad o disfunciones del sistema inmunitario en los animales clonados. Además, si los fragmentos de ADN que cambian de lugar no son controlados adecuadamente, parece que pueden generarse tumores.
Otro fenómeno que está alterado con respecto a los embriones normales es el de la impronta. Ésta consiste en la diferente activación de los genes procedentes del padre o de la madre en un individuo concebido al modo tradicional. Existe un complejo sistema regulador que dicta cuál de las dos formas de cada gen, la procedente del padre o la procedente de la madre, debe ser activada en cada tipo celular. Como los individuos clonados sólo tienen un “padre genético”, con una impronta ya fijada, podrían producirse alteraciones en el desarrollo embrionario.
Habrá que solucionar estos problemas si no queremos que nuestras granjas se conviertan en una especie de “galería de los horrores” de seres deformes y enfermizos.

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